狙击手比吉特是海军陆战队的绝密武器，“一粒子弹、一条人命”是他的座右铭。在他那悠长又极富趣味性的职业生涯里，肯定已有超过七十条人命被他夺走。身为美国海军陆战队最具传奇性的狙击手，他每一次的任务是精确地瞄准、然后扣下狙击长枪的板机，一颗子弹从远距离飞至夺走一个毒犯战犯刺客国家敌人的贱命。但今次，他的枪口却被逼瞄向他的一个朋友…… 燕迹秦清。
《狙击手 2》事件发生一段时间后，托马斯·贝克特（汤姆·贝伦杰饰）仍在适应重返美国海军陆战队的生活。他的指挥官拉拉比上尉（特洛伊·温布什饰）认为他太老了而且固执，无法继续服役。贝克特参加尼尔·芬尼根（肯·斯特鲁特克饰）的婚礼，尼尔·芬尼根是他最好的朋友保罗·芬尼根的儿子，保罗·芬尼根曾与贝克特一起在越南服役，并在西贡陷落前夕被杀之前救了他的命。贝克特读了保罗几十年前写给他的一封信，以防他无法参加儿子的婚礼。贝克特随后与保罗的遗孀西德尼（珍妮塔·阿内特饰）跳舞，西德尼后来做了X 光检查贝克特的手上，并告诉他，当他失去扣扳机的手指时，他遭受了神经损伤，导致他的指肌腱触发了受伤手上其他手指的不自觉的抽搐。她鼓励贝克特为了健康从海军陆战队退役，并暗示他应该邀请她约会。
随后，中央情报局的两名官员——局长威廉·艾弗里（丹尼斯·阿恩特饰）和副局长理查德·阿迪斯（威廉·达菲饰）找到了贝克特。艾弗里向贝克特透露，芬尼根的死是在越南伪造的，而他实际上还活着。中央情报局在西贡陷落之前招募了他，并利用他与红色高棉一起将毒品运出柬埔寨。然而，芬尼根却发疯了，现在是一名被称为“眼镜王蛇”的毒品和武器贩运者。他聚集了一大群儿童兵，他们住在越南社会主义共和国丛林下的隧道里。艾弗里声称芬尼根是“蛇头”，如果他被杀，他的童兵就会群龙无首，“蛇就会死”。芬尼根因支持伊斯兰祈祷团后甚至资助恐怖主义而被标记为消灭，即将被越南当局抓获，这将引发国际事件。为了让尼尔和西德尼摆脱痛苦的真相，贝克特同意杀死芬尼根，但要求他在没有观察员的情况下独自执行任务，因为他不愿意让任何其他人参与这样的个人任务。
在胡志明市，贝克特会见了他的联系人、美国国家安全局招募的越南警察特工全（拜伦·曼饰）。贝克特由于任务的个人性质而感到震惊，他给悉尼打电话，忘记了时差。贝克特告诉西德尼，他只是想让她和尼尔知道他们对他来说有多重要，因为他从来没有真正拥有过自己的家庭。当晚晚些时候，贝克特前往康恩俱乐部，杀死芬尼根（约翰·道曼）），当他喝酒的时候。然而，他未能完成任务并被反狙击手射杀。贝克特杀死了狙击手，但被越南当局逮捕。在拘留期间，贝克特在另一间牢房里看到芬尼根，芬尼根声称他抛弃了妻子和孩子，因为他在丛林中感觉“还活着”，但又声称他被他为之工作的人“出卖”了。芬尼根炸毁了警察局逃跑，这也给了贝克特逃跑的机会。贝克特联系了泉，泉要求他为他提供武器和回家的路。贝克特对自己的任务目的感到怀疑，他想找到芬尼根并查明事情的真相。他将芬尼根定位在西宁地下的越共旧隧道“沟渠”中在他和全抵御伏击后。
在潜入隧道的过程中，泉不小心失足滑倒在芬尼根面前，芬尼根用枪指着他，但他向贝克特透露了真相。芬尼根被招募并开始为中央情报局工作后，他与约翰·盖勒、比尔·艾弗里以及一位名叫史蒂维·约克的美联社平民摄影师一起在沟里，史蒂维·约克拍摄了他们的活动。约克目睹了这三名吸毒成瘾的男子在三天内杀害了九名手无寸铁的平民（六男三女）。这些人让约克毁掉了这部电影，但由于毒品的偏执，他们杀了他，让事情看起来像是北越军干的。现在盖勒是德克萨斯州参议员并竞选总统，他不能让保罗被捕并暴露他的过去，所以他要求艾弗里欺骗贝克特消灭芬尼根，然后让另一名狙击手杀死贝克特以防止任何信息泄露。全被迫与芬尼根的一名高级追随者进行肉搏战，并杀死了他。为了拯救泉，贝克特向保罗的一名儿童兵的手臂开枪，杀死了芬恩，结果中弹的是保罗而不是泉的头部。由于没有什么可争取的，芬尼根的民兵投降并离开。随后，全和贝克特道别，全安排在柬埔寨边境接回贝克特。贝克特对这次经历感到震惊和幻灭，